Rプログラミングの小ネタ

# サンプルデータの作成 fruits <- c("apple","durian","orange") count  <- c(2, 1, 3) df <- data.frame(fruits, count) df # 中身の確認   fruits count 1  apple     2 2 durian     1 3 orange     3 このデータを使って、ggplotで棒グラフを描いてみると、 library(ggplot2) ggplot(df, aes(x=fruits, y=count))   + geom_bar(stat="identity") 並び順はデータのまま 当然ながら、棒の順番はデータ通りに、２、１、３と並びますね。 これをソートしたい場合は、reorderを使います↓ ggplot(df, aes( x=reorder(fruits, count) , y=count)) +   geom_bar(stat="identity") reorderすると昇順に並ぶ x軸はfruitsなんだけど、reorder関数の第二引数であるcountの値で並べ替えてから使ってね、という指定です。 で、次の課題です。 reorderを使うと、昇順で１、２、３という並びになりましたが、これを降順の３、２，１という並びにしたいときは、どうやればいいか。 データフレームをソートするときなんかに使うorder関数でいうところの「decreasing=TRUE」みたいな指定があればいいのですが、reorder関数にはそのようなオプションはなさそうです。 で、実はごく簡単で、reorderの第二引数（count）の値の正負が逆になれば、順番も逆になるじゃんという理屈です。 ggplot(df, aes(x=reorder(fruits, -count ), y=count)) +   geom_bar(stat="identity") reorder関数の第二引数にマイナスをつければ降順に...

例えば、↓こんなデータがあったとして、 # サンプルデータの作成 name  <- c("Anne", "Bob", "Carl", "Dann", "Eric", "Fred") fruits <- c("orange", "apple", "orange", "durian", "orange", "apple") df <- data.frame(name, fruits) df # 中身を見てみる   name fruits 1 Anne orange 2  Bob  apple 3 Carl orange 4 Dann durian 5 Eric orange 6 Fred  apple みんなの好きな果物のデータだとして、１人しかいないような少数派の行は除去したいと。この例だと、ダンのドリアンを取り除きたいと。 ddplyを使って度数をカウントし、新たに度数（count）の列として追加（transform）。 library(plyr) ddply(df, "fruits", transform, count=length(fruits))   name fruits count 1  Bob  apple     2 2 Fred  apple     2 3 Dann durian     1 4 Anne orange     3 5 Carl orange     3 6 Eric orange     3 で、このcount列を条件として、データフレームをフィルタすればいいかなと。 dd <- ddply(df, "fruits", transform, count=length(fruits)) dd[ dd$count > 1, ] # 少数派の行を削除   name fruits count 1  Bob  apple ...

 ↓この本に載っていた例で、 Rによるデータサイエンス データ解析の基礎から最新手法まで library(MASS) caith        fair red medium dark black blue    326  38    241  110     3 light   688 116    584  188     4 medium  343  84    909  412    26 dark     98  48    403  681    85 ↑このようなデータ（縦に並んでいるのが目の色、横に並んでいるのが髪の色）に対して、↓こんな感じで対応分析を行う、という例が載っていました。 caith.ca <- corresp(caith, nf=4) biplot(caith.ca) Rでのcaithデータの対応分析結果 と、ここまでが前置き。 今、手元にあるのが↓こんなデータだった、としましょう。 gender <- c("M","M","M","M","F","F","F","F","F","F") blood  <- c("A","B","B","O","A","B","A","O","A","AB") gender.blood <- data.frame(gender, blood) gender.blood    gender blood 1       M     A 2       M     B 3       M     B 4       M     O 5  ...

例えば、Rで↓こんなデータを扱っているとします。 # サンプルデータを作る Q1 <- c(1, 1, 2, 2) Q2 <- c(1, 2, 1, 2) Q3 <- c(1, 2, 3, 1) df <- data.frame(Q1, Q2 ,Q3) # 中身の確認 df   Q1 Q2 Q3 1  1  1  1 2  1  2  2 3  2  1  3 4  2  2  1 読み込んだときの都合か何かで、データはinteger型とかnumeric型になっていると。 でも、実は質問 Q1、Q2、Q3に、1:はい、2：いいえ、3:どちらともいえない、とかで答えたもので、因子型として扱いたい。 多重対応分析のmcaとかを使おうとすると、 mca(df = df) でエラー: all variables must be factors が出ちゃうとか、そんなシチュエーション。 因子型に変換したいときには、as.factor関数ですが、これはデータフレームに対しては使えない。 こんな時は、あの一家。そう、applyファミリーの登場です。 lapplyを使って、1列ごとにas.factor関数を適用、リストとして返ってきたものを、またデータフレームに戻してやるという流れです。 df.fctr <- data.frame( lapply(df, as.factor) ) # 型の確認 df.fctr$Q1  [1] 1 1 2 2 Levels: 1 2 無事、因子型になりました。

「R ヒストグラム 一部 色をつける」で検索してみると、hist関数でヒストグラムを描いた後に、polygon関数で色をつける、なんて方法がヒットしました。 polygon使えばなんでもできそうだけど、なんか、ちょっと違うよなあ、とか思ってしまいまして。 で、実はhist関数のcolオプションでも、できるんですよね。 colオプションに1つの値（スカラー）を指定すると、全体が一色で塗りつぶされてしまいますが、ここにベクトルを指定すると、それぞれの棒の色を指定することができます。 例えば、ヒストグラムに10個のビンがあって、それぞれを任意の色で塗りたい場合は、10個の要素を持つベクトルをcolオプションに指定すればOKです。 set.seed(0)       # 再現性のために rd <- rnorm(100) # 100個の乱数 cols <- c("white", "white", "red"  , "white", "white",           "blue" , "white", "white", "white", "white") hist(rd, col=cols) ヒストグラムの一部に色をつける 色を塗りたくない場合は（パワポなどの「塗りつぶしなし」みたいな感じ）、色名の代わりにNAを指定すればいいです。 cols <- c(NA    , NA, "red", NA, NA,           "blue", NA, NA   , NA, NA) hist(rd, col=cols) 最初の例と全く同じ見た目になると思いますが、add=T指定で重ねたときなんかに差がでますね。 階級がいっぱいあって、いちいち全部書き出すのが面倒なときは、下記のような感じで、塗りたいところだけを指定すればいいですね。 cols <- rep("white", 100) # ”white”を詰めた、長めのベクトルを作って...

↓以前、こちらの記事を書いたのですが、 「データの見えざる手」のU分布を、Rでシミュレート よくよく見てみると、書籍と軸の取り方が違ったりして、つっこみどころ満載だったので、悔い改めて、ちゃんとやることにしました。 書籍では、横軸がマスに入っている個数、縦軸が累積確率になっていました。 あと、初期値もちゃんとランダムで設定するようにしました。 それと、対数プロットする際に、軸の目盛ラベルの付けやすさから、ggplotを使ってみました。 library(ggplot2) library(scales) n <- 72000 # 点の個数 m <- 900   # マスの個数 masu <- numeric(m) # 空のマスを用意 # 点をランダムにマスに配置 indices <- sample(1:900, 72000, replace=T) for(i in indices){   masu[i] <- masu[i] + 1 } for( i in 1:100000000 ) {   s <- sample(1:m, 2) # ランダムに2つのマスを選ぶ   if( masu[s[1]] != 0 ) { # 無い袖は振れないケースへの対処     masu[s[1]] <- masu[s[1]] - 1 # 1つ目のマスから取って、     masu[s[2]] <- masu[s[2]] + 1 # 2つ目のマスへ入れる   } } tbl <- table(masu)     # 個数を集計 df <- data.frame(tbl) # データフレームにする # 列名を分かりやすくする colnames(df) <- c("num_of_dots", "freq") # 点の数が因子型なので、整数型に変えておく df$num_of_dots <- as.integer(df$num_of_dots) # 累積確率を計算 df$cum_prob <- rev(cumsum(rev(df$f...

さて、本筋とは関係のないところでケチばっかりつけていた、↓前回と前々回の記事でしたが、 「データの見えざる手」の正規分布の図が一様分布に見えたのでRで試した 「データの見えざる手」の図が分かりにくかったので、Rで一次元プロット 今回は、著者の矢野和男さんの言うところの「U分布」なるものを、計算機シミュレーションで作り出してみましょう。 次に、このようにランダムに玉を分配した後で、マス目間で玉をやりとりさせてみよう。 ランダムにマス目を二つ選んで、一方から他方に玉を１個移す。そして、これを繰り返してみよう。もともと、ランダムに置いた玉なのだから、そこからランダムにマス目を選んで、玉を動かしても、結果は変わらない、と思うだろう。この問題を多くの人に出題してみたが、全員が「結果は変わらない」と答えた。 たしかに、直感的には、ランダムに配置後にランダムに交換しても、マクロな状況は変わらないような気がしますね。でも、そうじゃないのが興味深いところ。 書籍では初期値はランダムとありましたが、手を抜いて、1マス80個の「平等」状態からスタートさせてみました。（結果は同じになりますよね、たぶん） 指定回数の交換を行ったあと、それぞれのマスが持っている個数でソートして、少ない方が左になるようにプロットしています。 1万回、2万回、・・・と実行しながら、プロット結果を画像として出力していきます。jのところのループ回数を変えて、1億回まで実行してみました。 n <- 72000   # 点の個数 m <- 900     # マスの個数 masu <- rep(n/m, m) # 平等に配分 for( i in 1:9 ) {   for( j in 1:10000 ) {     s <- sample(1:m, 2) # ランダムに2つのマスを選ぶ     if( masu[s[1]] != 0 ) { # 無い袖は振れないケースへの対処       masu[s[1]] <- masu[s[1]] - 1 # 1つ目のマスから取って、       masu[s...

↓この記事を書いていて思ったのですが、 「データの見えざる手」の正規分布の図が一様分布に見えたのでRで試した 一日の生活の900分は一次元的であるのに、それを30×30の二次元のマスで表現しているところが、そもそも分かりにくい。 人が理解するときのモデルとしても分かりにくいし、二次元になっているせいで、シミュレーションのスクリプトを書くときもいろいろと面倒な処理が必要になったりして（上記のリンクのinteractionのくだりとか）。 素直に、一次元的な図を載せた方が、読者の理解も進むのではと思って、Rで書いてみました。（点やマスの数は見た目がほどよくなるように減らしてあります） n <- 80 # 点の数 m <- 10 # マスの数 x <- runif(n, min=0, max=m) stripchart(x, pch=1, xlab="１分ごとのマス") abline(v=0:m) legend("topright", legend="手の動きのあった時点", pch=1, bg="white")  こういう図の方が分かりやすいと思うけどなあ。

「 データの見えざる手 」は読んでいて、引っ掛かりまくりでした。 読んだかた、「U分布」ってピンときました？ どこで躓いたかというと、こんな感じでコンピュータシミュレーションの結果が紹介されていたのですが、上の「正規分布（ポアソン分布）」と書かれている図↓の見た目が一様分布っぽいんですよね。 正規分布（ポアソン分布）とU分布　（「データの見えざる手」より） 本文を見てみると、 コンピュータシミュレーションでこれを実行するには、玉の位置をランダムに生成すればよい。横方向の位置(x)を決める1～30の乱数と縦方向の場所(y)を決める1～30の乱数を発生させ、(x,y)の位置に玉を置くのだ。 とあります。う～ん、xとyを一様分布に従って発生させて2次元にプロットしている、ってだけだよなー。 ・・・（考え中）・・・ で、しばらく考えてみて、やっと分かりました。こうやって発生させたデータだと、マスの中の点の個数が正規分布になるのね。 実際に、一つずつやってみましょう。 n <- 1000 # 点の個数 m <- 10   # マスの区切りの数 # 座標は一様分布で従って発生させ、プロット x <- runif(n, min=0, max=m) y <- runif(n, min=0, max=m) plot(x, y, pch="・") # マスを書く abline(h=0:m) abline(v=0:m) 一様分布で発生させた点（マス内の個数は正規分布になる） はい、本に載っているのと似たような絵になりました。 マスに入る個数を調べるには、引数を越えない整数を返すceilingが使えますね。 > interaction( ceiling(x), ceiling(y), sep="," )    [1] 4,1   9,3   10,1  1,5   3,1   1,6   8,1   8,3   10,6  5,7   2,6   [12] 2,5   2,7   7,6   6,10 ...